| 2000年（4周年） | |||
| 1 | 御法度 | 01/15-02/11 | |
| 2 | 海の上のピアニスト | 01/29-03/09 | |
| 3 | ウェイクアップ！ネッド | 02/12-02/18 | |
| 4 | シュリ | 02/19-03/24 | |
| 5 | ポーラＸ | 02/19-02/25 | |
| 6 | エリザベス | 03/04-3/10 | |
| 7 | トイストーリー2 | 03/11-04/23 04/29-05/05 | |
| 8 | ガラスの脳 | 03/18-03/24 | |
| 9 | 雨あがる | 03/25-04/07 | |
| 10 | シックスセンス | 04/08-04/21 | |
| 11 | （再映）シュリ | 04/08-04/21 | |
| 12 | カリスマ | 04/13 | 開館４周年記念プレイベント 黒沢清監督トーク |
| 13 | ブエナ・ビスタ・ソシアル・クラブ | 04/15-04/28 | |
| 14 | ザ・ビーチ | 04/22-06/02 | |
| 15 | スクリーム３ | 04/29-05/16 05/18-06/02 | |
| 16 | ロッタちゃんはじめてのおつかい | 05/06-05/12 | |
| 17 | アナザヘブン | 05/13-06/02 | |
| 18 | あ、春 | 05/19 | ＜シネマ・アイリス４周年記念映画祭＞ 函館初公開作品、オールナイト上映 |
| 19 | ニンゲン合格 | 05/19 | |
| 20 | OLの愛汁 | 05/19 | <シネマ・アイリス４周年記念映画祭>函館初公開作品、 オールナイト 上映覆面映画監督挨拶（田尻祐司監督） |
| 21 | DEAD or ALIVE〜犯罪者 | 05/19 | ＜シネマ・アイリス４周年記念映画祭＞ 函館初公開作品、オールナイト上映 |
| 22 | 豚の報い | 05/19 | |
| 23 | 地雷を踏んだらサヨウナラ | 05/20-05/22 | ＜シネマ・アイリス４周年記念映画祭＞ ～～浅野忠信、二つの顔～～ |
| 24 | 白 痴 | 05/25-05/26 | |
| 25 | 月光の囁き | 05/23-05/24 | |
| 26 | 救命士 | 05/27-06/02 | |
| 27 | イン・サイダー | 06/03-06/23 | |
| 28 | 眠狂四郎／勝負 | 06/03-06/05 | シネマアイリス4周年記念 市川雷蔵映画祭 |
| 29 | 大菩薩峠 | 06/03-06/05 | |
| 30 | 眠狂四郎／炎情剣 | 06/06-06/07 | |
| 31 | 忍びの者 | 06/06-06/07 | |
| 32 | 新・平家物語 | 06/08-06/09 | |
| 33 | 陸軍中野学校 | 06/08-06/09 | |
| 34 | ストレイト・ストーリー | 06/10-06/23 | |
| 35 | 川の流れのように | 06/17-06/30 | |
| 36 | 2番目に幸せなこと | 06/24-07/07 | |
| 37 | グリーンマイル | 06/24-07/14 | |
| 38 | ナビィの恋 | 07/01-07/05 | |
| 39 | 守ってあげたい | 07/06-07/07 | |
| 40 | サイダーハウスルール | 07/08-08/04 | |
| 41 | カードキャプチャーさくらⅡ 封印されたカード | 07/15-08/11 | |
| 42 | ティガームービー プーさんの贈り物 | 07/15-08/11 | |
| 43 | ファンタジア２０００ | 07/15-08/04 | |
| 44 | （再映）カリスマ | 07/22-07/24 | |
| 45 | （再映）皆月 | 07/25 | |
| 46 | 現実の続き夢の終わり | 07/26-07/28 | |
| 47 | ナインス・ゲート | 07/29-08/11 | |
| 48 | （再映）海の上のピアニスト | 08/05-08/11 | |
| 49 | ＴＡＸｉ ２ | 08/12-09/08 | |
| 50 | タイタンＡ．Ｅ． | 08/12-08/31 | |
| 51 | ヴァージン・スーサイズ | 08/19-09/01 | |
| 52 | スチュアート・リトル | 09/01-09/08 | |
| 53 | オール・アバウト・マイマザー | 09/09-09/22 | |
| 54 | ６０セカンズ | 09/09-10/13 | |
| 55 | ミュージック・オブ・ハート | 09/23-10/20 | |
| 56 | 未来日記 | 10/07-10/20 | 10/05 先行上映 |
| 57 | バレット・バレー | 10/02-10/03 | J・MOVIE 日本映画の新しい波 秋の大収穫祭！！ |
| 58 | どこまでもいこう | 10/04 | |
| 59 | 大いなる幻影 | 10/06 | |
| 60 | 顔 | 10/14-10/20 | |
| 61 | MONDAY | 10/25-10/27 | |
| 62 | ロゼッタ | 10/21-10/23 | |
| 63 | Ｕ−５７１ | 10/21-10/27 10/29-1103 | |
| 64 | 最終絶叫計画 | 10/21-10/27 | |
| 65 | マルコビッチの穴 | 10/28-11/17 | |
| 66 | ホワイトアウト | 10/28-11/03 | |
| 67 | 独立少年合唱団 | 10/28 | |
| 68 | あの子を探して | 11/4-11/10 | |
| 69 | ボーイズ・ドント・クライ | 11/4-11/17 | |
| 70 | オータム・イン・ニューヨーク | 11/11-12/01 | |
| 71 | （再映）ブエナ・ビスタ・ソシアル・クラブ | 11/18-11/24 | |
| 72 | ソフィーの世界 | 11/25-12/01 | |
| 73 | 太陽はぼくの瞳 | 12/02-12/08 | |
| 74 | はつ恋 | 12/02-12/06 | 12/03 篠原哲雄監督トーク |
| 75 | 人狼 | 12/02-12/06 | |
| 76 | サルサ | 12/07-12/15 | |
| 77 | ルナ・パパ | 12/07-12/08 | |
| 78 | カオス | 12/09-12/15 | |
| 79 | ソドムの市 | 12/09-12/10 12/15 | パゾリーニ映画祭 |
| 80 | 王女メディア | 12/09-12/10 12/14 | |
| 81 | アッカトーネ | 12/11 | |
| 82 | 豚小屋 | 12/11 12/15 | |
| 83 | アポロンの地獄 | 12/12 12/14 | |
| 84 | デカメロン | 12/12 | |
| 85 | 奇跡の丘 | 12/13 | |
| 86 | 大きな鳥と小さな鳥 | 12/13 | |
| 87 | １７歳のカルテ | 12/16-12/22 | |
| 88 | １３ディズ | 12/16-02/02 | |
| 89 | カル | 12/23-01/05 | |
| 90 | アンパンマン | 12/30-01/12 | ※12/31 休館 |